Новый этап в жизни Кондопожского прихода начался в 1989 году, когда по приглашению вновь собравшейся общины архимандритом Мануилом (сейчас архиепископ Петрозаводский и Карельский) был совершен чин малого освящения древнего Успенского храма. В ноябре 1990г. настоятелем Кондопожского прихода был назначен священник Лев Николаевич Большаков.

Успенская церковь находится в собственности государства как памятник архитектуры, поэтому службы в ней проходили только летом по договору аренды, а в зимнее время приходилось поначалу служить в приспособленном помещении – бывшей насосной станции, которую подарил приходу один из заводов. В 1994-95 годах это здание было реконструированном под небольшой храм во имя Сретения Господня. Реконструкция проводилась за счет Кондопожских предприятий и на средства прихожан. В эти годы при приходе развивалась детская воскресная школа. Евангельские чтения для взрослых, начинает работу иконописная мастерская. За последующие десять лет прихожане смогли собрать средства на проектирование и в дальнейшем на строительство нового просторного храма во имя Рождества Пресвятой Богородицы. В апреле 2009г. был совершен чин малого освящения этого храма и в нем начались службы. На данный момент в Кондопожском приходе служат три священника: о. Лев (Большаков), о. Сергий (Соболев), о. Алексей (Шейкин) и дьякон Давид (Артур Арсентьев). Действуют воскресные школы для детей и взрослых, катехизический курс для готовящихся ко крещению, работает иконописная и столярная мастерские. Кондопожский приход дал толчок к образованию самостоятельных общин в селах: Гирвас, Янишполе, Спаская Губа, кроме того священники прихода служат в деревнях: Улитина Новинка, Кулмукса, Эльмус, Березовка, Уница.